Après des études aux Universités de Lausanne et de Fribourg-en-Brisgau (Allemagne), Alain Cortat a travaillé dans un programme du FNS à l'Université de Neuchâtel et à l’Institut l’homme et le temps de La Chaux-de-Fonds. Il a ensuite été collaborateur scientifique à la Commission indépendante d’experts : Suisse-Seconde Guerre mondiale (Commission Bergier). Il a travaillé une année à l’Université de Harvard à Cambridge, Massachusetts, USA, en 1999-2000. En 2004, il a obtenu une bourse de la Fondation Gerold et Niklaus Schnitter pour l’histoire des techniques de l’EPFZ. Il a été maître de conférence invité en 2005 à l’Université de Technologie de Belfort-Montbéliard (France) et chargé de cours en 2006-2007 à l’Université de Fribourg et collaborateur scientifique et chargé d’enseignement à l’Université de Neuchâtel
de 2010 à 2014. Il dirige plusieurs collections aux Editions Alphil, dont il est le directeur. Ses domaines de recherche sont l’histoire industrielle et économique. Il a été lauréat du prix d’études postdoctorales de la Fondation Anne et Robert Bloch et du Prix Bachelin 2013.