Enfant des Montagnes neuchâteloises, Johann Boillat est titulaire d'un doctorat de l’Université de Neuchâtel (2012, mention summa cum laude). Fondés sur des archives syndicales, bancaires et entrepreneuriales, ses travaux portent sur l’histoire de l’industrie horlogère suisse au xxe siècle et plus particulièrement sur l’évolution structurelle du secteur, de l’entre-deux-guerres à nos jours.
Licencié ès lettres (2005), il a consacré son travail de diplôme à la question du développement ferroviaire dans le canton de Neuchâtel au XIXe siècle, étude couronnée du Prix d’encouragement à la recherche historique des CFF (2011).