Architecture comtoises de la Renaissance propose la première vue d'ensemble sur la construction dans l'ancien Comté de Bourgogne, de 1525 à 1636. Pendant cette longue période, décalée d'une génération par rapport à l'histoire française, un riche patrimoine s'est constitué, de Besançon à Champlitte et de Luxeuil à Dole. Peu marquée par les guerre de religion ou les conflits européens, la Franche-Comté peut s'enorgueillir aujourd'hui de se placer parmi les premières régions de France dans le domaine architectural de la Renaissance.

Le Palais Granvelle de Besançon et l'Hôtel-Dieu de Dole marquèrent le début et la fin de "l'âge d'or" comtois. Au milieu de cette ère de prospérité, la lente évolution vers le classicisme fut un instant troublée par le Graylois Hugues Sambin, "architecteur" de Dijon, qui laissa deux oeuvres maniéristes à l'ornementation fastueuse, le couronnement du clocher de Dole, unique en France, malgré sa chute partielle en 1636, et la Palais de justice de Besançon. Après son passage, unen nouvelle génération consacra le retour à l'équilibre, à la solidité des formes. Ainsi, au fil des décennies, l'art de la cour des Flandres, initié par les Carondelet et les Granvelle, s'effaça estompé par l'apparition et l'affirmation d'une architecture typiquement comtoise, préfiguration du Siècle des Lumières.