Directeur des fouilles des sites littoraux néolithiques des lacs de Chalain et Clairvaux (Jura) entre 1970 et 2008, directeur de la mission ethno-archéologique en Irian Jaya entre 1986 et 2005, responsable des contrats dans le cadre du Programme interdisciplinaire de recherche sur l'environnement (PIREN, 1988-1990 et 1995-1998), Environnement et développement durable (1999-2002), directeur du laboratoire de Chrono-écologie (Unité Mixte de Recherche n° 6565 du CNRS et de l'université de Franche-Comté) entre 1994 et 1997, coordinateur du programme de l’Agence Nationale de la Recherche JADE 1 (2007-2010) et co-responsable de JADE 2 (2013-2016), Pierre Pétrequin n’a eu de cesse de croiser les approches (naturalistes, anthropologiques, techniques…) pour une vision originale et d’une acuité inédite des sociétés préhistoriques durant sa longue carrière, débutée au ministère de la Culture en 1967, puis au CNRS à partir de 1980, et qui court toujours en tant que directeur de recherche émérite.
Pour saluer son œuvre magistrale, un recueil d’articles lui est dédié par des chercheurs qui, à un moment ou à un autre, ont croisé et partagé la trajectoire intellectuelle de l’archéo-ethnologue, compagnons des diverses pérégrinations thématiques (premières communautés agricoles, habitats palafittiques, exploitations du sel, de la pélite-quartz, de la jadéite, ethno-archéologie, paléo-environnement…).
Les quatre thèmes qui structurent l’ouvrage répondent aux préoccupations scientifiques de Pierre Pétrequin: Autour de Chalain et de Clairvaux; Matériaux, matières, productions, circulations; Pratiques sociales, économiques et culturelles; Épistémologie, méthodologies interprétatives