L’étude des rapports entre l’ordre étatique français et les ordres confessionnels fait apparaître combien ces relations peuvent être plus diversifiées et plus complexes que ce que suggèrent les termes de "neutralité bienveillante" et de "tolérance sympathique" qui sont parfois employés pour qualifier les relations entre les Églises et l’État en France.
En droit français, les ordres confessionnels bénéficient d’une indépendance très large qui se traduit par l’incompétence de l’ordre étatique dans les affaires religieuses. Mais cette autonomie est circonscrite à la sphère proprement spirituelle. En dehors de cette sphère, les institutions religieuses se trouvent dans un rapport de subordination avec l’ordre étatique, comme toute institution infra-étatique. Elles doivent en subir les contraintes et se conformer à ses exigences fondamentales.
Ces relations d’indépendance et de subordination s’accompagnent d’une certaine reconnaissance par l’ordre étatique qui se traduit par une prise en considération du droit interne des Églises dans les litiges qui se trouvent à l’intersection de la sphère spirituelle et de la sphère temporelle ainsi que par une coopération entre la puissance publique et les autorités représentatives des cultes. La reconnaissance étatique peut apparaître antinomique avec le principe de séparation des Églises et de l’État posé par la loi du 9 décembre 1905 et réaffirmé par le pouvoir constituant en 1946 et en 1958. Néanmoins, cette contradiction peut être résolue en s’attachant à déterminer l’étendue et les limites de la reconnaissance des institutions religieuses par l’ordre étatique.