Physicien du solide de formation, sa thèse d'état a été dirigée par Jean Grilhé au laboratoire CNRS de Métallurgie physique: «Détermination par susceptibilité magnétique de deux modes de formation des zones de Guinier-Preston dans Al-Zn: décomposition spinodale et germination-croissance», 1974. Il a enseigné la physique à l’Institut universitaire de Technologie de Poitiers dont il a été directeur adjoint de 1978 à 1982. Il fut aussi président de l’UEREPS de Poitiers (l’actuelle Faculté des Sciences du Sport) de 1978 à 1983, entité où il a mis en place des enseignements très novateurs pour l’époque.
Suite à sa participation à une mission auprès du ministère des Sports sur le thème: «Sport, Recherche, Industrie», il opéra une reconversion dans ses activités de recherche. Il a ainsi créé dès 1980, au sein d’un laboratoire du CNRS, la première équipe de recherche exclusivement tournée tout d’abord vers l’étude des conditions des pratiques sportives (matériaux et matériels), puis vers l’étude mécanique des gestes sportifs.
Il a codirigé avec P.Lacouture puis J.Duboy, dans le cadre de l’école doctorale «Sciences pour l’ingénieur» de l’Université de Poitiers, une quarantaine de thèses. Cette collaboration les a conduits en 1994 à l’écriture d’un ouvrage de référence Mécanique humaine. Éléments d’une analyse des gestes sportifs en deux dimensions (Paris, EP&S Éditions, 1999). En 2001, leur équipe CNRS a réalisé un CD-Rom «La science des mouvements humains» qui fut reconnu d’intérêt pédagogique par le ministère de l’Éducation nationale.
Alain Junqua a largement contribué durant une grande partie de sa carrière à l’essor de la biomécanique en France. Au sein de la Société de Biomécanique, il a été notamment actif en participant à l’organisation de plusieurs congrès annuels. Mais il a également coorganisé en France plusieurs congrès pour le compte de la Société internationale de Biomécanique dont celui de Poitiers en 1993.
Désormais professeur émérite et membre d’honneur de la Société de Biomécanique, Alain Junqua se consacre, au sein du CRITT Sport-Loisirs, à développer une méthodologie innovante ayant pour but principal de donner très tôt aux enfants le goût pour les sciences modernes de l’ingénieur à partir des pratiques sportives de l’école. À cette fin, les travaux de recherche de l’équipe RoBioSS (Institut Pprime CNRS) ont conduit à la mise au point de mallettes pédagogiques «Sciences et Sport» expérimentées depuis une dizaine d’années. Menée avec l’appui des autorités rectorales et en concertation avec le Comité national olympique et sportif français, l’action en cours est désormais connue sous la dénomination: «Classes olympiques Sciences et Sport».