Jean Freney est professeur de microbiologie à l'Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lyon, Praticien hospitalier au sein des Hospices Civils de Lyon et membre de l' UMR 5557 – CNRS Ecologie Microbienne « Bactéries pathogènes Opportunistes et Environnement » de l'Université Claude Bernard Lyon 1.

Du fait de ses fonctions à la fois médicales et scientifiques, ses travaux ont surtout consisté à associer recherche fondamentale et appliquée sur des thèmes variés comme la description de nouvelles espèces bactériennes, l'utilisation de composés à activité antimicrobienne mais aussi la recherche et la caractérisation d' infections d’origine hospitalière ou environnementale.