Après avoir obtenu un bachelor à la HEP-BEJUNE, Kilian Winz-Wirth a poursuivi ses études à l'Université de Genève. En 2018, il obtient son master «Analyse et intervention dans les systèmes éducatifs» à la Faculté de psychologie et des sciences de l’éducation. Il mène actuellement une thèse de doctorat portant sur la mise en œuvre des réformes structurelles en éducation.